bstage in

Tanım

Copy or symbolically link files başlangıç: the data manager staging cache - the job execution host. Şu seçeneklerden birini belirlemelisiniz: -all, -srcya da -tag tag_name.

Bulunduran iş bir dizi öğesiyse, bstage komutu, iş konaklatma alanında, bulunduran işin dizi dizinine karşılık gelen bir alt dizinin var olduğunu denetler.

Varsayılan olarak, iş gönderildiğinden, gerekli dosyalar yerel hazırlama alanı önbelleğine yerleştirilir. İş içindeki bstage in komutu, dosyanın önbellekte yerini bulur. bstage in copies (cp or scp) or links (ln) the file from the cache location to the job current working directory.

Seçenekler

-all

İş gönderimi ile istenen tüm dosyaları, iş yürürlükteki çalışma dizinine kopyalayın. Komut, önbellekteki istenen her aşamanın yerini bulur. Tüm dosyalar, düz bir dizin yapısındaki klasöre kopyalanır. Aynı adı taşıyan giriş dosyaları birbirinin üzerine yazılmasına neden olur.

Temel olarak bu seçenek aşağıdaki komut için bir kısayoldur:

bstage in -src "host_name:/abs_file_path/file_name" -dst path/file_name

Tüm klasörleri kopyalamak, ancak dizin yapısını korumak için, bir dizin genel arama karakteriyle -src seçeneğini kullanın ( / ya da /*).

Yolun sonunda yıldız karakterini (*) kullandığınızda, veri gereksinimleri dizesinin tırnak işareti içinde olması gerekir.

-dst yol

Konaklatılan dosyalara ilişkin hedef klasör.

Kopyanın hedefi, iş yürürlükteki çalışma dizini ya da mutlak bir yol için göreli bir yol olabilir. Yoldaki herhangi bir dizin yoksa, bstage in bu dizinlerin yaratılmasını dener. -dstdeğerini belirtmezseniz, varsayılan değer, iş yürütme yürürlükteki çalışma dizinidir.

Yol yoksa ve -src tek bir dosya belirtiyorsa, yol, kopyalanacak hedef dosya olarak yorumlanır.

Yol varsa ve -src tek bir dosyaysa, dosya kopyalanır ya da değiştirilir:

• Yol bir dosyaysa, dosya yeni dosyayla değiştirilir.
• Yol bir dizinse, dosya, özgün adı altındaki dizine kopyalanır.

If you specify -tag or -Hepsi, or you specify -src with a directory wildcard, the destination is interpreted as a folder name relative to the job current working directory. Bu dizin yoksa, LSF bu dizini yaratmayı dener.

-src "[anasistem_adı:]/abs_kütüğü_yolu/dosya_adı"

Yalnızca, iş gönderiminde host_name:abs_file_path seçeneğiyle birlikte istenen dosyayı yürürlükteki çalışma dizininize kopyalayın. Anasistem ve dosya yolu belirtimi, iş sunulduğunda belirtilen gereksinimle eşleşmelidir. Tam anasistem ve dosya yolu belirtimini görmek için bjobs -data komutunu kullanın:

bjobs -data 1962
JOBID   USER    STAT  QUEUE  FROM_HOST  EXEC_HOST  JOB_NAME   SUBMIT_TIME
1962    user1   PEND  normal hostA                 *p 1000000 Sep 20 16:31 
FILE                                 SIZE   MODIFIED 
datahost:/proj/user1/input1.dat      500 M   Jun 27 16:37:52 
datahost:/proj/user1/input2.dat      100 M   Jun 27 16:37:52 
datahost:/proj/user1/input3.dat      -      -

Anasistem adını, gönderim anasisteminde yerel olarak erişilebilir olan dosyaları istemek için çıkarabilirsiniz.

-src "[anasistem_adı:]/abs_folder_yolu/[ *]"

İstenen klasörün içeriğini, yürürlükteki çalışma dizininize, iş gönderiminde host_name:/abs_folder_path/ seçeneğiyle birlikte kopyalayın. Anasistem ve dosya yolu belirtimi, iş sunulduğunda belirtilen gereksinimle eşleşmelidir.

Anasistem adını, gönderim anasisteminde yerel olarak erişilebilir olan dosyaları istemek için çıkarabilirsiniz.

Dosya adı olmadan bir klasör adı belirtirseniz, mutlak yol bir dizin (/*) ya da özyineli dizin (/) genel arama karakterinde sona ermelidir. Bu durumda, -dst seçeneği bir klasör olarak yorumlanır ve tüm dosyalar, temel yapıyı çoğaltmak için uygun alt dizinlere yüklenir.

Yolun sonunda yıldız karakterini (*) kullandığınızda, veri gereksinimleri dizesinin tırnak işareti içinde olması gerekir.

Örneğin, aşağıdaki iş, özyineli bir dizin isteyen bir veri gereksinimini içerir:

 bsub -data “hostA:/tmp/” ...

LSF , tüm /tmp dizinini ve tüm alt dizinlerini aşarhostA. Your job can then call that directory with the bstage in command:

bstage in -src "hostA:/tmp/" -dst directory

LSF , tüm alt dizin yapısını, iş yürütme yürürlükteki çalışma dizininde dizin altında çoğalir.

-link

İstenen kaynak dosyalar için, bunları kopyalamak yerine, hazırlama alanı önbelleği konumundan istenen kaynak dosyalar için simgesel bağlantılar yaratın. Yürütme anasistemi ve konaklatma alanı arasında gereksiz dosya kopyalama işlemi olmasını önlemek için -link seçeneğini kullanın. Bağlantı oluşturmak için hazırlama alanı doğrudan iş yürütme anasistemine bağlanmalıdır.

-tag tag_name

Belirtilen etiket adıyla ilişkili yerel önbellekteki tüm dosyaları, hedef seçeneği (-dst) tarafından belirtilen klasöre kopyalar. -dst seçeneği belirtilirse, hedef bir klasör olarak yorumlanır ve bu etiket klasörünün altındaki tüm dizin yapısı hedefte eşlenir.

İş, daha önceki bir iş tarafından oluşturulan bir ara düzey veri dosyası kullandığında -tag seçeneğini kullanın. Etiket dizini üzerinde okuma izniniz olmalıdır.

Geçerli etiket adları yalnızca alfasayısal karakterler ([A-z|a-z|0-9]) ve bir nokta (.), alt çizgi (_) ve kısa çizgi (-) içerebilir. Etiket adı, üst dizin (../), yürürlükteki dizin (./) ya da kullanıcı ana dizini (~/) için özel işletim sistemi adlarını içeremez. Etiket adları boşluk içeremez. Etiket adları tire (-) ile başlayamaz.

Etiketleri kaldırmak için bdata tags clean komutunu kullanın.

Önemli: Etiketlerinizin ad alanının sizin sorumluluğunuzda olması gerekir. LSF , bir etiketin geçerli olup olmadığını denetmez. Etiketinizin benzersiz olduğundan emin olmak için, etiket adlarınızın bir parçası olarak iş tanıtıcısı, dizi dizini ve küme adı gibi dizgileri kullanın.

-u kullanıcı_adı

Varsayılan olarak, işiniz, yalnızca kendi etiketlerinizle ilişkili dosyalarda aşama yapabilir. Başka bir kullanıcı adına ait etiketlerle ilişkili dosyalarda yer almak için -u seçeneğini kullanın. The CACHE_ACCESS_CONTROL = Y parameter must be configured in the lsf.datamanager file to use the -u option.

İşinizi göndermeden önce, etiketin var olduğundan ve bu etiketle ilişkili dosyaları kullanmak için uygun izne sahip olduğundan emin olmalısınız.