Ein ASIC wird für eine bestimmte Anwendung entwickelt und optimiert und kann nicht neu konfiguriert werden. Die internen Schaltungselemente (Transistoren) sind in einer festen Struktur angeordnet, zwischen denen sich eine feste und unveränderliche Verbindung (Verdrahtung) befindet.
Weil ein ASIC nur einem Zweck dient, beinhaltet er nur die logischen Elemente, die für diesen Zweck notwendig sind. Wenn zum Beispiel kein Gleitkomma-Multiplikator benötigt wird, dann ist er nicht in das Design integriert.
Umgekehrt kann ein FPGA für alle potenziellen Anwendungen konfiguriert und neu konfiguriert werden. Wie bei einem ASIC sind die internen Schaltungselemente in einer festen Struktur angeordnet (programmierbare Logikblöcke oder PLBs), jedoch mit rekonfigurierbaren Verbindungen dazwischen. Die Logikelemente in einem FPGA werden so ausgewählt, dass sie eine Vielzahl von Anwendungen unterstützen, leiden jedoch unter dem Prinzip „Use it or lose it“, wenn bestimmte Logikelemente nicht verwendet werden. Wenn für eine bestimmte Anwendung kein Gleitkommamultiplikator erforderlich ist, das FPGA jedoch einen enthält, ist diese Ressource nicht verbunden und stellt „verschwendeten Speicherplatz“ innerhalb des FPGAs dar.
Beide Geräte können zwar Hunderte Millionen von Transistoren enthalten, aber ein ASIC kann diese Transistoren verwenden, um hohe Effizienz und Leistung auf Kosten der Flexibilität zu erzielen. Die anfänglichen NRE-Gebühren für die Entwicklung eines ASIC können exorbitant sein, während die Kosten pro Einheit relativ niedrig sein können.
Ein FPGA nutzt seine Transistoren, um eine hohe Effizienz und hohe Leistung zu liefern, aber auch eine enorme Flexibilität. Die NRE-Gebühren für die Entwicklung eines FPGA können im Voraus extrem niedrig sein, während die Kosten pro Einheit in der Regel höher sind. Es ist wichtig zu beachten, dass dies keine festen Regeln sind. Im Performance-Bereich haben sich beispielsweise die jüngsten FPGAs zu Taktraten von mehr als 500 MHz weiterentwickelt und werden in der Regel auf dem neuesten Stand der Technik in Silizium-Prozessgeometrien hergestellt. Kurz gesagt: Die Grenze zwischen FPGAs und ASIC wird mit jeder neuen FPGA-Generation immer unschärfer.